不受国家教育部科学技术司委托，中国高等学校科技期刊研究会于2012年9月积极开展了第4届中国高校精品杰出特色科技期刊奖评选活动， 经过中国高校科技期刊研究会票选和教育部科学技术司审议，从全国共639种（次）申报期刊中，依据学术质量、编校印制质量等指标，票选出有精品期刊60种，杰出期刊120种，并于2012年11月2124日在山东省济南市举办了颁奖典礼大会。我校主办的《南京林业大学学报（自然科学版）》荣获第4届中国高校杰出科技期刊奖。此外， 根据《关于的组织2011年度中国科技论文在线杰出期刊暨中国科技论文在线科技期刊杰出的组织单位评选活动的通报》（教技放中心函[2011]233号），教育部科技发展中心对截至2011年12月31日已收录于在中国科技论文在线的期刊，就期刊影响因子和他引率、网站收录于论文数和下载量、期刊劲射的完整性及期刊编委的国际化程度等各项指标展开统计分析，经过严苛评审，票选出有中国科技论文在线杰出期刊一等奖45项，二等奖72项。《南京林业大学学报（自然科学版）》获得二等奖。

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